在五项改革方案中，基本医疗保障制度位居首位，从2009年开始，三年内城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗覆盖城乡全体居民，参保率提高到90％以上，2010年，各级财政对城镇居民医保和新农合的补助标准提高到每人每年120元，并相应提高个人缴费标准。“除了对基本医疗保障的投入外，我们对医疗服务体系也是要补助的，医疗机构、药品、公共卫生特别是基本公共卫生。虽然有的国家可能只会投供方或者需方，但是这种两面投入的体系，适合我们国家，在效益和公平上比较合理。”陈竺表示。

　　陈竺在此前2009年的卫生工作会议上表示，大力加强城乡基层医疗卫生服务机构建设，加强农村医疗卫生服务能力。

　　为了加强基层医疗服务的能力，政府在基建和人才方面，都执行了相关的措施，但是对于公立医院的改革，陈竺表示，公立医院的改革必须具有综合配套的措施才能执行，对于一些需要取消的，比如药品加成问题，目前正在测算公立医院的补助费用，只有一套措施完善后才能对公立医院进行改革。